地方行政长官也利用手中的权力极力侵占公家或别人的土地,增辟庄园,从而形成地方豪强势力。十一世纪,许多有势力的庄园获得“不输”、“不入”的特权,即不向国家交纳租税和不准政府官员进入庄园干预内部事务。地方豪强势力的日益强大,逐渐形成脱离中央控制的割据势力,天皇权力则日益削弱。九世纪中叶后二百余年间,大贵族藤原氏(即中臣氏)专权,政治腐败,贵族经常为争占土地互相火并,为保护自己的庄园,地方豪强把自己的家族成员和仆从武装起来,组成血缘关系、主从关系相结合的军事集团,其成员称为武士。武士势力增长很快,十一世纪便形成两大集团:关东源氏和关西平氏。1185年,源氏消灭平氏控制了中央政权。1192年,源赖朝取得“征夷大将军”的称号,在镰仓设立将军幕府,开始了幕府统治时期。幕府与天皇朝廷同时并存,名义上将军由天皇任命,实际上朝廷没有任何权力,幕府是事实上的中央政府。幕府设政所、侍所和问注所分管全国政治、军事和司法大权。地方上,各国(省)和各地庄园委派亲信武士担任守护、地头,将军是全国最大的封建主,他属下的武士是占有不同数量土地的大小封建主,将军和武士结成主从关系,将军保护家臣(武士),武士宣誓效忠将军,承担纳贡和服兵役的义务。1333年,后醍醐天皇乘幕府势衰联合武士贵族推翻了镰仓幕府,但不久政权落到了另一个实力派武士足利尊氏手中,1336年他攻入京都,自任征夷大将军,日本进入了室町幕府时期(1336—1573年)。后醍醐逃到南方另立朝廷,直到十四世纪末被北朝所灭,史称南北朝时期。事实上室町幕府的统治很不巩固,1467年因第八代继承人问题引起了长达11年的全国性内战,此后,日本内战不休,进入到了战国时代,直到1573年室町幕府灭亡。
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