在清末的新政中，教育制度的改革是一项重要内容。主要包括“废科举”、“设学堂”和“奖游学”。
一、科举制度的废除
清政府规定从1901年起停止武举，1902年起废除八股文章。1905年9月，清政府宣布宣告自1906年起废除科举考试以及相关的教育体制，在全国范围内兴办新式学堂。12月设立学部。科举制度的废除，不仅是一种教育制度的退出，更是一种政治制度的终结。
二、设立学堂
1902年颁布《钦定学堂章程》。将各省、府、州县的书院改设为大、中、小学堂。1904年制定了一套以日本教育为模式的学堂行政管理制度，学堂分为初等和高等小学堂、中学堂和高等学堂三级。
随着新学堂的大规模兴办，从幼儿园到研究院，各级各类学堂配套成体系，这表明资产阶级性质的现代教育体系基本确立。
三、奖励留学
选派留学生出国留学。
四、科举制度废除的负面影响
首先是新教育出现贵族化倾向。
其次是新教育中人文精神的失落。
最后是新教育依然没有脱离科举陋习的侵蚀。
