南开大学历史学考研院成立于2000年10月。下设3系、3所、3中心，即中国史学系、世界史学系、考古与博物馆学系、历史研究所、中国近现代史研究所、古籍与文化研究所、日本史研究中心，美国历史与文化研究中心、拉丁美洲研究中心。系、所、中心之下又有若干个教研室、研究室。上述9个单位，皆与历史系有着渊源关系，脱胎于历史系。