云南大学的前身东陆大学在创办之初即开展史学的教学与科研。1937年，云南大学设文史系，下有史学组。1951年正式成立历史系。先后设有历史学、中国民族史、档案学、图书馆、人类学、社会工作、世界史专业；形成了以方国瑜、江应梁、杨堃、李埏、尤中教授等为代表的学科队伍；先后成立了具有学科特色的西南文化史、中国民族史、云南地方史、中国封建经济史、西南边疆史、南亚东南亚史、西南亚史、西南古籍研究等科研教学机构。
1964年，中国民族史专业开始招收培养研究生。1981年，在国家第一批学位点审批中，云南大学的中国民族史同时获博士、硕士学位授权；专门史（经济史）和世界史获硕士学位授权。1986年，专门史（经济史）获博士学位授权；2000年，世界史获博士学位授权。1993年，国家学科专业目录调整，原中国民族史和专门史（经济史）合并统称为专门史。2003年，云南大学又先后获得历史学一级学科博士学位授予权（除原历史学下设8个二级学科外，又自主增设了社会史、边疆学2个二级学科）和历史学博士后科研工作流动站，形成较完善的学科体系和学科发展平台。
1986年，云南大学的中国民族史、专门史（经济史）被列为云南省首批省级重点学科加以建设。1995年，云南大学历史系被国家教委批准为“全国普通高校文科基础学科人才培养与科学研究基地”。2000年，以中国民族史为重要支撑的云南大学西南边疆少数民族研究中心被国家教育部批准为全国普通高校人文社会科学重点研究基地。2007年，云南大学专门史获准为国家重点学科，在中国经济史、中国民族史、中国西南边疆问题研究、中国与南亚东南亚国家关系史、亚非史研究方面形成学科优势特色。
历史系现下设有历史学基地班和民族学2个本科专业；有10个博士学位授权和9个硕士授权点；有中国古代史、中国近现代史、中国民族史和世界史等4个教研室；同时建有中国经济史研究所、考古学与文物评估中心、亚非研究中心等机构。
云南大学历史系有教职工30人，专职教师28人（其中，教授9人、副教授10人，讲师6人，助教3人；具有博士学位学位14人，占专职教师50%；40岁以下13人，占专职教师46%。历史学专业有博士生导师17人（含校内外上岗导师）。有本科生196人，研究生共274人，其中硕士研究生197人，博士研究生77人。博士后在站研究人员2人。
