历史学是清华大学历史最悠久、成就最辉煌的学科之一，1911年建校初期就开设有中国史、西洋史等课程，1926年正式成立历史系，著名学者王国维、梁启超、陈寅恪、陆懋德、蒋廷黻、刘崇鋐、雷海宗、张荫麟、吴晗、邵循正、王信忠、孙毓棠、周一良、丁则良、王永兴等都先后在历史系执教，并形成了中西交融、古今贯通的学术传统，培养了一批又一批高水平的史学人才。1952年院系调整，历史系并入北京大学等校，其后三十多年，历史系在清华不复存在，但中国近现代史的教学与研究并没有中断。同时中国科技史、建筑史等学科在清华得到大力发展。二十世纪八十年代以后，清华大学逐渐恢复包括历史学科在内的人文学科。1985年成立思想文化研究所，主要从事中国古代思想文化史的研究。
1993年，清华历史系恢复建制。2001年中央工艺美术学院并入清华，原中央工艺美术学院具有重要影响的艺术史学科也成为清华史学的一个重要组成部分。2003年，历史系与思想文化研究所合并，成立新的历史系，对原有力量进行了整合。目前，清华历史学科依托清华大学良好的学术环境，形成了以历史系为中心，多学科密切合作，名家汇集，梯队合理，优势集中，特色明显，学术新生长点多，图书资料积累量大，国际化的学术格局。
清华历史学科的核心机构是历史系，下设有中国古代史、中国近现代史、世界史、思想文化史等教研室，以及简帛与出土文献研究中心、经学研究中心、中国经济史研究中心、中国近代文化与现代化研究中心、国际汉学研究所、东北亚研究中心、旅游文化与文化遗产研究中心等专门研究机构。可以招收历史学各相关领域的博士生、硕士生、本科生（包括外国留学生）。
历史系拥有雄厚的师资队伍。现有专任教授17人，副教授7人，讲师3人，另有兼职教授4人。专任教授中有欧亚科学院院士1人，国务院学位委员会历史学学科评议组长1人，教育部古籍整理委员会委员1人，历史教学委员会委员1人，国家级学会会长、副会长等4人。
