历史学院成立于2000年10月。下设3系、3所、3中心，即中国史学系、世界史学系、考古与博物馆学系、历史研究所、中国近现代史研究所、古籍与文化研究所、日本史研究中心，美国历史与文化研究中心、拉丁美洲研究中心。系、所、中心之下又有若干个教研室、研究室。上述9个单位，皆与历史系有着渊源关系，脱胎于历史系。
　　1919年南开大学创建伊始，即设置有历史学门。20世纪20年代初期，著名社会活动家和历史学家梁启超来南开大学讲学，《 历史研究法》就是在其授课讲义的基础上编撰而成的。1923年，南开大学正式建立历史系。著名学者蒋廷黻博士任历史系教授，兼系主任。蒋廷黻博士在南开工作了6年，是历史系的奠基人。1924年，哈佛大学硕士刘崇鋐先生任历史系教授。1930年，美国伊里诺大学硕士蔡维藩先生也来南开历史系任教授。他们的相继加盟，充实了师资，历史系的教学和研究 获得了发展。
　　1937年7月卢沟桥事变爆发，当年9月，南开大学奉命南迁，与北京大学、清华大学合组为长沙临时大学。翌年4月，又徙昆明，改称西南联合大学。南开历史系遂并入"西南联大"历史系。联大历史系荟萃了三校著名的历史学家，如雷海宗、刘崇鋐、蔡维藩、姚从吾、郑天挺、向达、陈寅恪、钱穆、吴晗等。他们培养了许多优秀的人才，如杨志玖、王玉哲、杨翼骧、丁则良、阎文儒、丁名楠、李希泌等。这些后起之秀中的一些人，后来在南开历史系工作，为历史系的建设和发展贡献了自己的毕生精力。
　　抗战胜利后，南开大学重返天津。历史系立即重新组建教师队伍，杨志玖、黎国彬、杨生茂、王玉哲等先生接踵而至，在历史系任教。
　　新中国成立后，历史系有了长足的发展。50年代初，吴廷璆、谢国桢、辜燮高、来新夏、魏宏运等先生先后来系工作，进一步壮大了师资力量。1952年教育部进行高等学校院系调整工作，原北京大学历史系主任郑天挺教授、清华大学历史系主任雷海宗教授相继调至南开，分别担任历史系主任和世界史教研室主任。不久，原北大历史系教师杨翼骧、武汉大学吴廷璆等先生也加盟南开历史系，从而奠定了南开历史系在全国高校历史学科中的重要地位。50年代中叶，历史系除设有中国古代史、中国近现代史和世界史3个教研室外，还建立了明清史研究室。60年代上半叶，又相继建立了美国史研究室、日本史研究室、拉丁美洲史研究室。历史系逐渐发展为师资力量雄厚、学科布局合理、学术特色明显的史学重镇。 
　　“文革”10年浩劫，历史系的教学与科研遭到严重破坏。改革开放以来，历史系焕发了勃勃生机。建制迅速发展，形成了中国史、世界史、博物馆学3个专业，成立了中国古代史、中国近代史、中国现代史、世界上古中世纪史、世界近现代史和博物馆学6个教研室，并设有图书资料室、文物室、计算机房。1979年，南开大学历史研究所成立，历史系教授吴廷璆担任所长。1983年，南开大学古籍整理研究所诞生，历史系教授杨翼骧任所长，古籍所的科研人员，半数毕业于历史系。
　　1981年和1986年，历史学科的中国古代史、世界地区国别史、中国近现代史、史学史4个二级学科，先后被国务院学位办公室批准为博士学位授予点。1987年，中国古代史、中国近现代史、世界地区国别史3个二级学科被国家教委批准为全国重点学科。1994年，历史系又被国家教委确定为首批"国家文科基础学科人才培养和科研基地"。1996年，历史学科被国家教委确定为"211工程"首批立项建设的单位。1998年12月，历史学科被批准为一级学科博士学位授予权单位。翌年元月，又被批准为博士后流动站。2000年6月，"中国社会史研究中心"被批准为教育部人文社科重点研究基地。2005年，“世界近现代史研究中心”被批准为教育部人文社科重点研究基地。“985工程”哲学社科创新基地“中国