十六世纪法国的统一和王权的强大，限制了罗马教廷对法国教会的过分贪求。1348年，法王查理七世的国务诏书，规定宗教会议的权力高于教皇权，主教和修道院长由教士选出。1576年，法兰西斯一世与教皇签订“波伦亚协定”，规定法国高级教职由国王任命，教皇批准，这些使得教会成为国家机构的一部分。十六世纪二十年代，路德派宗教改革思想开始在法国传播，而法国宗教改革家卡尔文由于在国内受迫害逃亡瑞士，以日内瓦为中心建立宗教改革的新派别――卡尔文教派。四十年代，其改革思想开始在法国传播。但新教徒受到亨利二世设立的“火焰法庭”的疯狂迫害。随着宗教改革的深入和发展，法国逐渐形成两个派别，一个是反封建的宗教改革派，有依附农民和城市市民，另一个是反对君主专制的封建反对派，其核心是中央和地方的封建贵族寡头。这一派又因其信仰不同而分为两个集团。一个是并入王室领地较晚的法国南部地区集团。由于国王从北部、中部诸省贵族中选拔国家官吏，因而引起南部贵族不满。他们信仰反正统教的卡尔文教派，这一集团的信徒称为“雨格诺教徒”，其首领是波旁的安蒂昂、康迪亲王、那瓦尔的亨利及海军将领科里尼。另一个是法国北、中部诸省的集团，他们接近国王，处于国王严密控制之下，独立其首领是军队统帅弗朗索瓦?介斯公爵和枢机主教亨利?介斯，由于这两个封建贵族集团有深刻的利害冲突，使得法国贵族间的内战始终处于一触即发之势。1559年亨利二世去世，法兰西斯二世即位一年即死去。十五岁的查理九世取得王位，于是宫廷贵族各集团为争夺国王监护人头衔进行激烈斗争。1560年以安蒂昂?波旁为首的一派。打算召开三级会议，解除介斯家族的职务，以保障波旁党利益，不料阴谋败露，安蒂昂、康迪以叛乱首犯被判死刑，只因法兰西斯二世1560年12月突然死去才幸免于死。1562年3月，弗朗索瓦?介斯率军队通过瓦西镇，忽然听到雨格诺教徒在谷仓内作礼拜唱赞美诗，介斯下令袭击手无寸铁的雨格诸教徒，当场杀死23人，伤100余人，瓦西镇惨案成为法国内战爆发的信号。（表面上为宗教战争）此后内战持续30多年，史称“雨格诺战争”（1562－1594年），分三个阶段：
（1）由瓦西镇惨案到圣巴托罗缪之夜（1562－1572年），这阶段的特点是：两个封建主集团为把持国王夺取国家政权而斗争。在双方交战军队中，有相当部分的外国雇佣军，法国内战由于外国干涉而更复杂化，英、德新教诸侯都支持雨格诺教徒，而西班牙腓力二世则支持介斯派。双方互有胜负，于1570年8月8日签订圣热曼“和解敕令”，准许新教徒可在全国范围内作礼拜，可担任国家官职，并留下四个要塞由他们控制。这是雨格诺教徒取得的最大胜利。
（2）由圣巴托罗缪之夜到天主教联盟的成立（1572－1576年），1572年8月18日，是那瓦尔王亨利与国王之妹马格丽塔结婚之日，新教徒领导人齐集巴黎准备参加婚礼。太后喀德琳则认为这国对抗介斯家族的手段，于是和其亲信们密谋消灭雨格诸教徒。事先在他们的住处画上白十字标记。8月24日，圣巴托罗缪节，这天凌晨两点到四点，按统一信号对雨格诺教徒进行大屠杀。到24日中午，巴黎被杀的两千多人，其中包括科里尼。此后双方又发生了两次战斗，最终国王不得不准予新教徒在一切地方（除巴黎和王宫地区外）有信教自由，除以前要塞外，另加8个要塞。雨格诺教徒配置2万人驻守，加强了防御，俨然如国中之国。
（3）由天主教联盟的建立到亨利四世进入巴黎（1576－1594年），这阶段斗争的结果是瓦洛亚王朝灭亡，波旁王朝正式建立。1574年9月查理九世去世，其弟亨利三继位。他宣布死后王位由他的近亲那瓦尔王亨利继承，这对介斯党是一打击。他们也走上建立独立组织的道路。1576年成立天主教联盟，由亨利?介斯领导，宣布一切天主教徒必须服从联盟，企图以此夺取王位。但亨利三世利用联盟内部矛盾，依靠城市和普通贵族的支持，宣布自己为天主教联盟首领，并把它改名为“王家联盟”。1585年那瓦尔的亨利正式成为王位继承人，介斯党看到大势已去，于是建立了“巴黎联盟”，积极策划推翻国王。1585年5月，国王逃出巴黎，12月派人刺杀了亨利?介斯，这件事使巴黎反国王的运动十分高涨，那瓦尔的亨利率大军从南方逼近巴黎，国王也于1589年4月联合他共同向巴黎推进，然而8月1日一名多米尼加派修士扎克?克勒芒潜入军营刺杀了国王，于是亨利?波旁即位，但他信仰雨格诺教，天主教徒和巴黎贵族不愿承认他，继续和他作战，亨利四世于是决心改奉天主教。1593年7月23日他重新皈依天主教，得以于1594年3月进入首都成为全国公认的国王。为平息雨格诺教徒的愤怒和结束长期内战，亨利四世于1598年4月13日颁布了南特敕令，宣布天主教为法国国教，恢复天主教的礼拜，没收的土地的财产归还天主教僧侣，而雨格诺教也获得信仰与崇拜自由，有权召集自己的宗教会议和担任国家官职，并为他们保留了100多个要塞作为履行敕令的担保。南特敕令实质上是交战双方的和约，它标志着法国内战的最后结束。由于它承认了新教的信仰自由，所以也是西欧第一个对异教宽容的范例。
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