自从葡萄牙殖民者来到东方，西方传教士也接踵东来。其中最著名的是耶稣会士意大利人利玛窦。利玛窦于万历十年（1582年）抵澳门，后在广东及南京、南昌、苏州等地传教。万历二十八年（1600年），他同另一耶稣会士庞迪我，由南京来到北京，向皇帝献上天主像、圣母像、圣经、十字架、万国地图、自鸣钟、西洋琴等诸方物。明神宗大喜，即留利玛窦住在北京，于宣武门内赐给房屋，并允许设堂传教，生活所需皆由朝廷供给。此后，利玛窦遂寄居北京几十年，至万历三十八年病死，年五十九岁。明神宗赐葬地于北京阜城门外滕公栅栏，以后这里又建教堂，成为北京传教士公墓。利玛窦在中国传教，根据中国情况，开创新的传教方式，取得了很大成功。
他的传教方式，主要有三条
第一
走上层路线，与官僚士大夫交接，结识公卿及大儒学者等，并且争取皇帝的支持，因而得以在中国立足。
第二随从中国风尚，以减少传教的阻力。如学习中国语言，读儒家书籍，改穿儒服，又以儒家经典来解释基督教教义，力图说明基督教教义与儒家思想相通，甚至不惜修改教规，允许教徒祭天、祭祖、拜孔等。
第三介绍西方先进的科学技术知识，以此作为传教的门径，由于这些科学知识有益于实用，可补中国之不足，因而得以取信于士大夫，见重于当局，徐徐引人入教。除利玛窦外，明末来中国的著名传教士还有意大利人熊三拔、艾儒略，日耳曼人汤若望，瑞士人邓玉函，西班牙人庞迪我等。这些传教士大都遵循利玛窦所开创的方法，在中国各地传教。至明朝末年，全国各重要地方几乎莫不有教堂，教徒已不下数万人。到了清初，教徒更增至十五万人。除了传教以外，耶稣会士还传入了西方的科学技术知识，主要有天文历法、数学、地理学、物理学、火器制造等。这些科学知识的输入，对于当时中国社会经济文化的发展起了一定的促进作用，对于中国士大夫阶层中的少数先进分子，起了一种唤醒的作用。可惜这些科学知识仅能为少数人所认识和接受，如象徐光启、李之藻等近代科学的先驱者；而未能在广大社会上引起反响，没有发挥应有的作用。
在清朝，西欧来华的耶稣会士，曾把中国的“四书”等译为拉丁文，把《通鉴纲目》译成法文，向欧洲传播中国的文化和历史；康熙帝也曾多次赠书给法国的路易十四、十五。中国的工艺美术品，建筑艺术，也对西方有很大的吸引和影响。（中国人讲究名誉，不惜工本搞艺术品；西方人讲实际、细工较少）在清代，由西方传入中国的主要是科学技术，如天文、地理、数学、医学等。康熙帝对自然科学很感兴趣，对天文、水利兴趣尤浓，曾亲自主持观察天文，测量河道，对西方学者予以优厚待遇。在西方教士洪若翰用西药“金鸡纳”治愈了康熙的疟疾后，康熙开始重视西药，将“金鸡纳霜”作为圣药，遍赐群臣。当然，当时所传入和吸收的多是片断不连的科学知识，而对方传播也不是出于纯文化交流的目的。
