清朝前期，在边疆地区也逐步建立起了比较完善的统治制度。由于这些边疆地区都是边远和民族地区，其情况比较复杂，因之所建制度多照顾到当地的情况或需要，与内地制度有所不同。东北地区 在东北地区，盛京（今沈阳）为陪都重地，设立户、礼、兵、刑、工五部，各置侍郎一人为长官，分掌盛京财赋、祭祀、军事、刑狱、工程事务。又设奉天府，置府尹一人，掌盛京地方之事。又设盛京将军一人，掌军政，驻盛京，并设盛京副都统三人为辅，分驻盛京、锦州、熊岳城（在今辽宁盖县西南）。又吉林、黑龙江地方，皆设将军以掌军政，而以副都统为辅。吉林将军一人，驻吉林城（今吉林市）。吉林副都统五人，分驻吉林城、宁古塔城（今黑龙江宁安县）、伯都讷城（今吉林扶余县）、三姓城（今黑龙江依兰县）、阿勒楚喀城（今黑龙江阿城县）。黑龙江将军一人，驻齐齐哈尔城（今齐齐哈尔市）。黑龙江副都统三人，分驻齐齐哈尔城、墨尔根城（今黑龙江嫩江县）、黑龙江城（今黑龙江爱辉县）。
内外蒙古 在内外蒙古地区，均实行札萨克制，即盟旗制度。蒙古各部划分为旗，旗是基本行政单位，合若干旗为一盟。旗有札萨克（即旗长），盟有盟长。札萨克为世袭之职，盟长则由中央任命。此外，中央又派大员驻在各要地，以加强控制。在内蒙古地区，设察哈尔都统，驻张家口；设热河都统，驻承德（今河北承德市），设绥远城将军，驻绥远城（在今呼和浩特市），设归化城（今呼和浩特市）副都统，由绥远城将军统辖。在外蒙古地区，设定边左副将军，驻乌里雅苏台城（今蒙古国扎布哈朗特），下有乌里雅苏台参赞大臣；设科布多参赞大臣，驻科布多城（今蒙古国吉尔格朗图），由定边左副将军节制；设库伦办事大臣，驻库伦（今蒙古国乌兰巴托）。
青海 在青海地区，设办事大臣一人，驻甘肃西宁府（今青海西宁市），专掌青海之军政。蒙古诸部族共分为二十九旗，亦各设札萨克治理一旗之事，惟不设盟长，盟会则由西宁办事大臣主持。新疆 在新疆地区，乾隆时征服准噶尔及回部后，为加强对新疆地区的统治，设伊犁将军，驻惠远城（今霍城东南），又设参赞大臣为辅，总理天山南北路之军事、政治、边防诸务。
在天山北路地区，于伊犁将军下设领队大臣数人，分驻惠远城及惠宁城。②在乌鲁木齐设都统及副都统，掌乌鲁木齐之军政，并在吐鲁番、巴里坤等地各设领队大臣，听乌鲁木齐都统节制。在哈密设办事大臣，掌哈密之各项事务。在塔尔巴哈台（今塔城）设参赞大臣，掌塔尔巴哈台之军政。蒙古族仍按旗编制，设札萨克，由蒙古贵族充任，制度与内外蒙古相同。在天山南路地区，也就是在回部（维吾尔族）地区，于喀什噶③尔（今喀什市）设参赞大臣，节制天山南路各城。在喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔设办事大臣，在英吉沙尔（今英吉沙县）等地设领队大臣，均归喀什噶尔参赞大臣节制，而喀什噶尔参赞大臣又归伊犁将军节制。维吾尔族仍设各级伯克，由维吾尔贵族充任，以管理各城事务。但废除原有的伯克世袭制，伯克可随时升调，其制与内地的官制基本相同。
西藏 雍正五年（1727年），清廷在拉萨设西藏办事大臣（全称“钦差驻藏办事大臣”或“钦命总理西藏事务大臣”（简称驻藏大臣），驻拉萨，进一步加强了对西藏的管理。乾隆年间，清廷又提高了驻藏大臣的职权，明确规定驻藏大臣和达赖、班禅的地位平等。西藏地方的行政、军事、财政长官及各大寺庙的管事喇嘛，都由驻藏大臣会同达赖简选。西藏的对外联系，均由驻藏大臣全权办理。西藏的僧俗人员出境，须由驻藏大臣给予照票，限以往返日期。外国人到西藏来礼佛通商，亦须由驻藏大臣批准。达赖、班禅的财政机构的一切收支，统归驻藏大臣稽查总核。达赖、班禅的继承人问题，也必须由驻藏大臣监临决定。乾隆帝特创金本巴瓶制度，在大昭寺内设一金本巴瓶，凡遇达赖、班禅圆寂后，找出其呼毕勒罕（化身）若干名，均由驻藏大臣将其姓名各写一签，贮于金本巴瓶内，然后驻藏大臣亲往监同抽签决定。总之，有关西藏的重要人事、行政、经费、军事及外交等，都由驻藏大臣裁定。
