南京大学历史学系前身溯源于1902年建立的三江师范学堂国史科。1952年院系调整时，由原中央大学历史系、边疆政治系和金陵大学历史系合并而成。九十余年来， 经过几代学者的辛勤努力，本系已形成较为完备的教学体系。全系设有历史学、考古学两个本科生专业，以及中国近现代史、中国古代史、世界史、专门史、国际关系史、边疆学、考古学7个博士点；考古学与博物馆学、专门史、中国古代史、中国近现代史、世界史、国际关系、民族学7个硕士点。1995年，本系被确定为国家教育部直属的文科人才培养和科学研究基地。1996年，经国家人事部评审建立博士后流动站；并成为首批进入国家工程的单位。1998年，本系经国务院学位办评审，获准按历史学一级学科招收博士生。本系世界地区、国别史为国家重点学科，中国近现代史专业为江苏省重点学科，该专业科研教学团队被评为江苏省学科优秀梯队。南京大学中华民国史研究中心为教育部人文社会科学重点研究基地。新近成立的国际关系研究院，也已开始招收研究生。
本系师资力量雄厚，现有教职工84人，专职教师73人，教辅人员2人，行政管理人员11人，其中教授40人（博士生导师29人），副教授22人，讲师5人，博士毕业待评职称8人，其中1人为美国杜客大学博士、1人为日本京都大学博士、1人为日本九州大学博士、1人为美国密歇根大学中国研究中心博士后。全系中青年教师有90％以上曾到美国或英国、加拿大、澳大利亚、韩国、奥地利、意大利进行长期或短期访问，仅赴美国哈佛大学燕京学社访问一年以上者即达8人。此外，本系有国务院政府津贴获得者17人，教育部新世纪人才5人，江苏省“333”工程4人，江苏省“青蓝工程”4人，校级资深教授2人。全系共有学生600余人，其中博士生160人，硕士生300人，本科生170人；博士后研究人员6人。
历史学系向来注重培养素质高、适应面广的复合型人才。本科生除学习中国通史、世界通史外，还选修了大量的文化素质课及应用型课程，西方文明史、中国文化史、港澳台问题研究、中国经济史、公文写作等课程深受学生欢迎。考古专业的师生长期参与田野考察和文物发掘与整理工作；在研究生培养方面，历史系致力于加强与海内外的学术交流和合作，与10多个国家和地区建立了经常性的联系。有数百位多名海外著名教授以及访问学者先后在此讲学交流或攻读博士、硕士学位。举办了中华民国史、中国社会史、当代台湾研究、英国史等国际学术讨论会。
