满清入关，定都北京，废南直隶（南京），清初沿袭明代15省的划分，各省事务以巡抚为主，每省设一总督主军务，这是总督、巡抚成为地方行政官员之始。
康熙六年（1667）鉴于原明代南直隶（江南省）、陕西省、湖广省辖域过大，各分为两个省。
全国为18个省：
直隶、江苏、安徽、山东、山西、陕西、甘肃、河南、四川、江西、湖北、湖南、浙江、福建、广东、广西、贵州、云南。
乾隆25年（1760）全国定为8总督，总督为地方最高长官。即：
直隶总督
两江总督，辖江苏、安徽、江西三省
陕甘总督，辖陕西、甘肃二省
四川总督
闽浙总督，辖福建、浙江二省
湖广总督，辖湖北、湖南二省
两广总督，辖广东、广西二省
云贵总督，辖云南、贵州二省，
另有河道总督专责河防事宜，漕运总督专事漕运。
雍正年间直隶总督兼巡抚事，乾隆中叶，因军务日重，裁四川、甘肃二巡抚，统由总督兼理。故，全国只有15巡抚。山东、山西、河南三省未设总督辖区，由巡抚兼总督事。
光绪10年（1884）新疆建省，置巡抚一人；11年（1885）福建分设台湾省，由福建巡抚改任，移驻台湾（治今台南），1895年中日战争后割让日本；光绪33年（1907）增设奉天、吉林、黑龙江三巡抚和东三省总督，所以，清未共有23省，9总督15巡抚。
清代省一级长官：总督总理大区域军政事务，职权最重。巡抚掌一省财政、民政、司法，乡试，地位略次于总督，二者常并称“封疆大吏”。
清代在边疆地区实行军政合一的制度，由中央委派重臣，授以将军、办事大臣等职来统辖。全国有五个将军辖区：
盛京（驻奉天府，今沈阳）、吉林（驻吉林）、黑龙江（驻齐齐哈尔）、乌里雅苏台（驻今蒙古）、伊犁（驻惠远城，今新疆霍城东南）。
二个办事大臣：西藏（驻拉萨）、西宁（驻甘肃省西宁府），分管西藏、青海地区。
一个由中央理藩院直接管理的内蒙古地区：内六盟、套西二旗与察哈尔。
清朝确立省制的过程中，在雍正朝完成改土归流，一个多民族的统一国家最终形成。
清代省以下的各级行政区划统隶关系如下：
┌——州
┌——府————县
│ └——厅
省─┤
├——州─———县
└——厅
小结：
明、清及至现代，省制一直被承袭下来，数目增加了，省境有继承，也有变化。元明清时期省级地方行政区划最重要的特点：突破了按山川形势走向，自然区域划分的规律。
例如：元代秦岭以南汉水上游的汉中谷地划归陕西省。这是出於政治和军事的考虑，因为汉中盆地是四川在北方的天然屏障和缓冲之地，宋金、宋元之战，南宋皆凭借秦岭有利地形长期据守。古语：“天下未乱蜀先乱”，失去它，四川便不易形成完整的割据区，有利于对整个四川盆地的控制。汉中剑阁本为一完整形胜之区，汉中与蜀的联系比与关中便利和频繁，经济、文化、语言、习俗亦接近四川，这是有意将剑阁与汉中分属二省。
明代，割长江以北、大别山、桐柏山以南的河南行省南部并入湖广行省，长江不再成为行政区划的界限。元朝广东地区属江西行省，广西、海南属湖广行省。明初，两广与江西、湖南分开。同时由于广西壮、黎、瑶三个民族反明起义猛烈，朱元璋采用分而治之的办法，把黎族聚居的海南及广西门户钦、廉地区划归广东，以便对广西加强控制。河北的彰德（安阳）、卫辉（汲县）、怀庆（沁阳）三府划属河南省，黄河不再成为天然界限。
清代承袭明朝现有区划，但由于不存在南京，所以，分南直隶为江苏、安徽二省。明代为防北方的鞑靼、瓦剌，修长城，设九边，由陕西都指挥使司统辖，便于调遣。清代不存在蒙古扰边问题，遂分为陕西、甘肃二省，并调整了川、贵两省的辖境。
中国专制王朝社会晚期政区的调整主要出于政治因素的考虑。目的是不使任何一个地区把握整个地区，据险以抗中央。
中国专制王朝社会晚期政区的调整主要出于政治因素的考虑。目的是不使任何一个地区把握整个地区，据险以抗中央。
譬如：十九世纪中叶太平天国革命运动被镇压，天京失陷，清廷御史陈廷经曾条陈变通疆域，拟把江苏的江南、苏北划为两省。曾国藩奉旨复陈，力持不可。云：“查苏皖未分之时，跨江淮而为省……唐之十道，宋之十五路，其于江南江北，皆截然分而为二，……然唐自中兴以后，声教不行于河北，宋自中兴以后，号令并不行于江北。……画疆太明，未必果能久安，论形势控扼之道，守江南者，必须先固淮甸，弃淮则江南不可保。……此等大事，似不必轻改成宪。”因此，魏源在《圣武记》一书中说：“合河南河北为一，而黄河之险失；合江南江北为一，而长江之险失；合湖南湖北为一，而洞庭之险失；合浙东浙西为一，而钱塘之险失；淮东淮西，汉南汉北，州县错隶而淮汉之险失；汉中隶秦，归州隶楚，又合内江外江为一而蜀之险失。”这种封建社会晚期人为划分政区尽管使地形交错，互相牵连，便于控制的用意一直影响到今天。其对某一区域之内经济文化的交流，风俗习惯之改变究竟是促进还是阻碍，值得仔细研究。
