明代地方行政制度的第一级区划是两京十三布政使司（省），合称15省：
京师（北直隶）、南京（南直隶）、山东、山西、陕西、河南、四川、江西、湖广（今湖北、湖南）、浙江、福建、广东、广西、贵州、云南。
每省机构分置三司：
左、右承宣布使司主管一省民政，分领府州县，由中央六部统管
提刑按察使司主一省监察司法刑狱，听命于刑部、督察院
都指挥使司主管一省军户卫所，听命于兵部和五军都督府
地方行政区划隶属关系为：
┌府─┬─属州─县
2京13省布政使司——│ └──——县
└直隶州────县
都指挥使司——卫——————所
都司、卫、所是明代地方军事机构，内地卫所并不占有土地，只是不设府、州、县的边疆地区，由国家拨给土地屯种。每5600人设“卫指挥使司”，1120人设“千户所”，112人设“百户所”。分屯设兵，父子相继，世为军户，控守要害，也兼理地方行政。
西南少数民族聚居地设：土司，委以当地部族酋长，世袭，管辖土府、州、县。
东北（黑龙江流域奴尔干都司）、西北（哈密七卫）、及青藏地区（乌思藏、朵甘思）设“羁縻都司、卫、所”，由少数民族酋长担任指挥使者，发敕书印信，隶于兵部。
西藏地方政教领袖有灌顶国师；赞善、护教、阐化、阐教王封号，受封于明朝皇帝，各有封地，形同地方政权。
朝廷为有效地控制土司，一般设“流官”值理。各级土官由朝廷委任，颁给印信，为其统治的凭证，明代土司之间纠纷，往往为争夺印信以取得属民的承认。明代一方面完善土司制度，另一方面又实行“改土归流”政策，革除土官的世袭，代以流官，逐步纳入地方行政系统。
明代设巡按御史为监察官员负责监察各省三司，以防止地方专权。例：戏剧中的江南八府巡按的故事。但因地方三权分立，无统一领导，产生政权运转不灵的弊病，于是明中叶以后又有总督，巡抚之设。巡抚：“巡守抚军”，以民事为主，设于各省。总督：以军事为主，兼理民政，大都设在边区。另有专管漕运、河运的总督。总督、巡抚对清代及后世影响很深，
