一、女真的统一及后金政权的建立
李自成与吴三桂山海关之战，由于清军的突然袭击而失利，退回北京；四月二十日义军撤离北京，清军即进入北京。清军接着由北京南下，追击义军。到九月，清顺治帝由沈阳来到北京；十月初一，顺治帝在北京重新即皇帝位，下诏“定鼎燕京”，（仍称北京），一个新的中原封建王朝自此正式建立。
（一）、几项统治措施
清军定鼎北京后，为巩固其统治和尽快统一全国，采取了一系列措施：
1、笼络亡明官僚，改变与明为敌的策略。本来女真人在东北建立政权前后臣服于明朝，后来又公开与明朝敌对，攻占明朝在东北的地盘，甚至逼近北京城。但1644年的形势与前不同了；明朝已经被李自成义军推翻，而李自成军又被清军逼出北京，清军如若在北京站稳脚跟，必须扩大其统治基础：笼络亡明旧臣。因此，清军摇身一变，成了明朝的同路人，称其入主北京“乃得之于闯贼，非取之明朝也”（东华录四），以杀农民义军为目标，拉拢明朝官吏，“义师为尔复君之仇，非杀尔百姓，今所诛者惟闯贼，吏来归，复其位；民来归，复其业”（清史稿•范文程传），并礼葬崇祯帝，官员服丧三天，厚待元明宗室；在京官员照旧录用；归顺者官升一级。很快，大批亡明旧臣归顺清朝麾下，与清军共同镇压农民起义军。
2、减免赋税，恢复生产。清军入京后即宣布废除“三饷”加派，并只收“正税”，其它一切俱免，地亩照明朝旧额征税，以前拖欠者一律免。对工商业者的税收也予以减轻。并规定“如有官吏蒙混倍增者，杀无赦”。同时又规定，在明末农民战争中被赶跑“失业”的地主回来后，必须将地如数占有，不肯退赔者以“党寇”治罪，限令地方官劝民恢复生产，招抚流亡，奖励垦荒。
3、严守军纪，严禁贪污。入山海关后，多尔衮与诸将誓约：“今入关西征，勿杀无辜，勿掠财物，勿焚庐舍”；入京以后，下令“凡强取民间一切细物者，鞭八十、贯耳”（清世祖实录四、五）对官吏贪污也制裁很严，“官吏犯赃，审实立斩”（东华录四）。并在一定程度上付诸实施。这些措施的实行，笼络了汉族地区的上层人物，也稳定了下层民众的生活和情绪，对巩固清朝的统治是很有利的。同时，清军也采取了一系列民族歧视，压迫的政策。
1、剃发令
清人属满族（女真），自古即男女留长辫，区别在于女的有刘海，男的前额上剃光。而明代男人的习惯是将头发束于头顶上。清人认为，汉人只有剃发梳辫，改从满俗，才算真心归顺。所以清军每到一地，都强令军民“剃发”，入关前令关内民剃发，入京后令京师军民剃发。遭到汉族军民的强烈反对，清曾一度收回成命，“天下臣民照旧束发，悉从其便”（清世祖实录五）。但最后还是推行到全国。
2、圈地令
明代在北京有大量皇庄，各地有大量王庄，在明末农民起义中被广大农民垦耕为已田。清初统治者为了满足本族贵族的掠夺之欲，即在进入北京的同年下令圈地，“定近京荒地及前明庄田无主者，拨给东来官兵”，即给从东北来的清军，所围占不仅是荒田，常圈占民田。如令军士骑马拉绳，尽力奔跑，所占即称官地（故圈地亦称跑马占地）。到顺治二年正式下令各地圈地，不记有主无主，一律任意围占，：“凡圈田所到，田主登时逐出，宅中所有皆其所有也”，其实是抢占民田民财。被圈的土地除一部分分给八旗兵士外，大部分由八旗官员，特别是皇族，王公所占据，称“旗田”，并重新建起皇庄、王庄，皇庄、王庄下沿用满人的落后的农奴制剥削方式，而农奴多是原有土地而被围占的破产农民（清初圈占十六万余顷，到唐熙八年才颁令停止。）
3、投充令和逃人法
这些农民又多是被“役之”为庄丁的，没有人身自由，庄丁可以被买卖，逃亡者从严制罪，是满人落后生产方式在清初从关外向内地的发展，尽管是暂时的倒退，也给中原地区的经济带来严重破坏，但被圈的土地并不返回。清军入关之初的几项统治措施，一方面拉拢汉族上层人物，稳定平民百姓，同时又施行民族歧视的政策，从而在一定程度上激化了民族矛循，加之明亡之后有相当一部分官僚和民众不肯归顺清朝，展开各种形式的抗清起义。如北方北京附近的霸州等地，天津与沧州之间的地区，常有人民群众袭击清军。山东响应李自成起义的满家旧义军，榆园义军等，由反明转为抗清，建立根据地，甚至建立政权，联系河北、河南义军，抗击清军。山西、甘肃等地也是如此。由于这些自发的抗清斗争规模小，分散，不久即为清军所击溃。规模较大的是南方各地军民的抗清斗争。
二、南方的抗清斗争
清军从山海关入关，占据北京，并向全国进军，但受到各地义军，人民乃至亡明军队的抵抗，向南推进的速度并不快。而南方各地人民利用种种形式，特别是用建立明政权为号召，展开大规模的抗清斗争。
1、江南地区
以南京为中心的江南一带是明朝的南直隶，当崇祯帝自尽，大顺政权统治北京时，1644年5月15日，崇祯的从兄福王朱由崧在马士英的拥戴下在南京称帝，建元弘光，欲法南宋高宗之事。马士英是魏忠贤的阉党余孽，为巩固南明小朝廷，又把东林党的史可法等人拉入朝廷，但很快又让史可法出守扬州，由马士英等人把持朝政。马士英等人对人民残酷剥削，卖官鬻爵；福王朱由菘整天沉溺于酒色，不理朝政，政治黑暗。当清军逼走李自成，为崇祯帝发丧后，南明朝廷即派人慰劳吴三桂和清军的报“君父之仇”之功，并欲以割让山海关以外之地与清军议和，甚至史可法也曾准备与清军合力进剿农民义军。后来感到清军的真正意图仍是灭明，才放弃妄想，合力抗清。
史可法在扬州坐镇，派将士守庐州、泗水、淮北、临淮等“江北四镇”，在四镇将帅火拼时，以民族利益为主，团结各方面力量抗清。顺治二年，开始北伐，派人攻占了开封，归德，但部下有的火并，有的降清，左良玉也趁机向南京进军，“清君侧”，企图控制朝政。而清军趁机南下，史可法固守扬州，自四月十五至二十五，艰难抗战十余天，城破后，清军在扬州屠杀十天，史称“扬州十日”。史可法被俘不降而死。
扬州陷后，南京很快被清军攻陷，弘光帝被俘至北京斩首。清军派降清的明官洪承畴任江南总督，改南京为江宁府。清军占据江南后，强行推行“剃发令”引起人民的反抗。苏州等地区人民自动组织“乌龙会”，昼夜监视，遇有剃发者即斩首。江阴知县方亨上任后强令剃法，乡民十万余人汇集县城，杀死方亨，守城抗清，坚持两多月，击毙清军数万。嘉定知县强迫剃发，也招致同样反抗，人民自动组织起来守城抗清，坚守孤城半个月。太湖上的渔民抗清队伍“白头军”，在湖上屡败清军，到康熙元年才被镇压下去。虽然最后失败，但牵制了清军的南下，使东南地区的抗清斗争发展起来。（民族观念最重的是普通百姓）
2、东南地区
顺治二年六月，清军攻下南京后，进军浙江，张煌言等迎鲁王朱以海就监国位，郑芝龙等拥唐王（朱聿键）在福州称帝，成为两个小朝廷，但两个政权互责真伪，不和。鲁王政权有绍兴、宁波、温州、台州等地，内部很混乱，顺治三年六月，清军渡过钱塘江，进攻绍兴，鲁王浮海南逃到台湾。
唐王政权有福建，两广、云贵及安徽、江西部分地区，但拥立唐王的郑芝龙等不是抗清，只想搜刮财物，与大汉奸洪承畴订投降密约，使清军长驱直入福建，福州失守后，唐王逃走，被俘而死。郑芝龙剃发降清。其子郑成功继续抗清。
郑成功本名森，隆武帝赐名成功。郑成功对其父郑芝龙降清不满，自己在东南沿海抗清。先以南澳岛（闽粤临界处）为根据地，继而攻克厦门，改称“思明州”。同时利用有利条件，发展海外贸易，作为抗清的基础。郑成功曾多次北伐南京、南征闽粤。到顺治十六年，郑成功率军由崇明岛入江，直逼南京，因轻敌而未克，退守夏门。清统治者征郑成功不果，便下令沿海居民内迁三十里，不许舟出海，郑成功为克服这一困难局面，决定向海上发展，选定台湾为征讨目标，开始了驱逐荷兰殖民者的斗争。
台湾在明后期为荷兰人占领，在台湾实行殖民统治，剥削残酷，阶级矛盾，民族矛盾都很尖锐，台湾人民不断反抗。郑成功在厦门时，不断与荷兰人发生矛盾，下令禁止港粤及外国人到台湾通商，禁绝两年。1657年荷兰驻台长官弗里德里克 揆一，与郑成功议和， 年输银五千两，箭十万支，硫磺一千石，郑成功抗清需要财政，军火援助，故答应了荷兰人的通商要求。进攻南京失败以后，遂决意攻取台湾。
顺治十八年初，郑成功决定亲征台湾，令其子守厦门，亲率船队南征。当时荷军约二千人，船坚炮利，军事上占优势，顽固抵挡郑成功，郑成功先攻赤嵌城。接着围困台湾城，八个月后，即1662年一月二十日开始猛攻，二月一日攻克，迫使揆一在投降书上签字，结束了荷兰殖民者对台湾的统治。并设置府县，招待大陆移民，加速了台湾社会经济的发展。成为抗清基地。
3、西南地区
（继续讲南方各地的抗清精神）清军接连攻破南明，鲁王，唐王政权，占领东南地区后，开始向西南进军。顺治三年，湖广总督等在广东肇庆拥立桂王称帝，改元永历，坚持抗清。并与李自成余部联系，协同作战。李自成牺牲后，余军一支由郝摇旗，一支由李过率领，在荆襄地区坚持抗清。顺治二年曾与唐王政府联合，接着又与桂王政府联合。1647年清军攻克肇庆，桂王西逃至桂林，郝徭旗与何滕蛟保桂林，守广西、大败清军，把清军阻在湖南南部，次年由于降清的明将在江西和广东又反 ，引起一个新的抗清高潮，桂王又迁回肇庆与李成栋等联合起来，占湖广地区。
但桂王政府内部混乱，李成栋等组成楚党，原拥立桂王的大臣为吴党，互相攻击，第二年即1649年，清军进逼，李成栋败死，何滕蛟被捕牺牲，李过也病死。余部在郝徭旗，李来亨等率领下，由贵州进广东，继续斗争。桂王逃到南宁。
此时，张献忠的余部李安国等在川南、云贵一带发展起来，为了共同抗清，与桂王政府联合起来，桂王迁到贵州。接着李定国率军反攻，九个月中收复湘、桂大部分地区，歼清军十万。并准备与广东的郑成功汇合，合攻南京，没能实现，退回广西，又退至云南。另一大臣孙可望嫉妒李定国之功，率一支军队与李分裂，后孙可望率军降清，并向清军告密，李定国也被清军打败，退至西双版纳地区，桂王则逃入绚甸。
三年后即1662年 ，桂王被吴三桂由绚甸俘至昆明，以弓弦绞杀于市（今昆明有“明永历帝殉国处”碑）。李定国也在同年病死。到1664年，李来亨，郝摇旗等也在抗清战斗中牺牲。
总之，从1644年清军入关，经过了近二十年的抗清斗争，各地区的抵抗才消沉下去，清朝才算站稳了脚跟。平定了各地的抗清力量之后，清朝便向边疆各地进军，北固边疆，历经康、雍、乾三朝，才算真正统一了全国。
