一、平定叛乱
边疆地区各地方政权在清初一方面内附，一方面又随时准备叛，甚至与国外势力勾结妄图分裂祖国边疆。清初自康熙开始与各地的叛乱行为进行了坚决斗争，维护了祖国统一。
1、平定三藩之乱
三藩指三个封藩的王[即吴三桂（平西王）守云南，耿精忠（靖南王，守福建，仲明之孙）、尚之信（平南王，守广东，可喜之子）]。三人（祖）在清初在东北弃明军降清，被清分封在西南，镇守一地，成了割据势力，使中央的法令在此不能推行。加之三王与在地内残酷压榨百姓，阶级矛矛盾激化，对边疆的巩固造成威协，清廷便计划削藩。
但消藩并不容易，因为三王都有大量的军队和财力物力，只能采取逐步削弱的方法，如免去吴三桂云贵总管之职，罢其除吏之权等。但三王也对朝廷暗存戒心。康熙十二年三月，尚可喜以老归辽东，请求留其子尚之信继续守广东，朝廷不许子袭其爵；吴三桂趁机告老辞职，以试探朝廷的态度，结果朝廷并不挽留，却下令“撤藩”，耿精忠也试探朝廷，也被撤藩。吴三桂立即在云南发动暴乱，自称“天下都招讨兵马大元帅”，以复明为号召而起兵。数月之间攻陷滇、黔、湘、闽、川之省。广东尚之信等也响应之，福建耿精忠也反。
康熙态度坚决，亲自指挥，一方面下令收回撤藩令，稳住耿、尚，一方面派兵打击吴三桂。到第三年即康熙十五年，吴三桂的精锐受挫，耿精忠出降，康熙十六年，尚之信出降。十七年三日，吴三桂在衡州称帝，建国号周，八月暴死，其孙世藩继位，退守贵阳，后到昆明。康熙二十年，清军攻入云南，吴世藩自杀。三藩之乱被平。三藩之乱，目的在搞分裂，已不是民族观念；清朝康熙帝平叛，维护了祖国统一，有利于多民族统一政权的发展。[自后直到曾国藩，不让汉人统军]。
2、统一台湾
台湾在1662年为郑成功收复，同年郑成功死，其子郑经继续以此为基地抗清。三藩之乱时，郑经曾响应福建的耿精忠，与之合攻广东；耿精忠降后，郑经退守厦门。澎湖。
1681年郑经死，子立，被臣下所杀；次子又立。康熙趁三藩平定之后的好形势，派施琅率水师攻澎湖、台湾。康熙二十二年（1683）澎湖失守，郑经的次子退居台湾，后向清出降，清军进驻台湾。清政府在台湾设台湾府，辖三县（台湾、凤山、诸罗），隶福建省。并在台驻军八千，澎湖驻军两千，加强了对台、澎的控制。
3、平定准噶尔部叛乱
清初西北地区的蒙古族分为三部：漠南蒙古、漠北的喀尔喀、漠西的厄鲁特（瓦剌人）。漠南蒙古归附清朝较早，被清封为六个盟，下辖五十一个旗，旗主由清廷指定的蒙古王公指定，称“札萨克”，为巡视蒙古部，清自顺治帝开始到张家口以北打猎，届时由蒙古扎萨克分班护卫；开始地点不固定，康熙四十二年始建承德“避暑山庄”，每年来此狩猎。避暑，实际是为了巡视漠南蒙古人。厄鲁特部首领也向清“遣使通贡”，保持密切联系。喀尔喀部在清入关前即每年向清贡献“九百之贡”，有臣服关系。
康熙时厄鲁特蒙古的准噶尔部强盛起来，噶尔丹称汗后，统一了厄鲁特诸部，势力达青藏地区，与沙俄勾结起来，妄图割据一方。首先与俄军夹攻喀尔喀蒙古，喀尔喀部南下投奔清朝，清朝在张家口，归化（呼和浩特）一带予以安置。康熙二十九年（1690），噶尔丹以追击喀尔喀为名南下，攻到距北京九百里的内蒙乌珠穆沁部。为了击退噶尔丹，康熙帝于1690、1695、1697年三次御驾亲征，率军征战大漠南北，大败噶尔丹，噶尔丹服毒自杀。
噶尔丹死后，其侄策妄阿拉布坦臣服清朝；他死后，子继位；噶尔丹策秀死后内部动乱，三车凌（杜尔伯特台吉车凌、乌巴什车、蒙古车凌）率部内迁，受到乾隆帝的接见。另一首领阿睦尔撤纳也内附。三车凌和阿睦尔撒纳协助清军征讨其他准噶尔部属，立了战功。但阿睦尔撒纳自以为有功，向清廷要爵，未遂，即于乾隆二十一年（1756）发动叛乱，次年溃退到沙俄境内，死在俄国。这样，自1688年到1756年准噶尔部封建主的长达七十年的叛乱才被镇压下去。
其间，康熙帝在1691年与喀尔喀蒙古举行“多伦会盟”，保留汗位，行政管理上与内蒙同例，加强了对喀尔喀的控制。
平叛准噶尔部之后，又促使土尔扈特部返回了祖国。土部与准部同属厄鲁特蒙古，因与准部不和，西迁至伏尔加河下游（俄国境内），但一直与清廷保持联系，清廷也派使者前去探望。因沙俄压迫，1771年（乾隆三十六年）土尔扈特汗渥巴锡率全族返回祖国，受到乾隆帝的接见，安置在准噶尔盆地一带生活。（后与维人同化）。
清廷巩固了对天山北路的统治。
4、平定和卓木与张格尔叛乱
居住在天山南路的维吾尔（畏兀尔）人，清初唐熙时受噶尔丹统治，噶尔丹死后由维族宗教首领管理南疆。后来另一支势力兴起，将其和两个儿子布那敦（大和卓木）、霍集占（小和卓木）拘禁在伊犁，清军进攻伊犁，大和卓木被送回故地，小和卓木留在伊犁，分别统辖天山南北的维吾尔族。乾隆（1758）二十二年四月，他们纠集维族上层发动反清暴乱，乾隆二十四年被平息，大小和卓木逃到巴达克山境内，当地首领把他们杀死，将尸首送还清朝。清廷在喀什噶尔设参赞大臣，加强了对天山南路的统治。（1762年 设伊犁将军辖区，近代1884设新疆省）
当大小和卓木被杀后，其子孙继续西逃，到嘉庆二十五年（1820）大和卓木的孙子张格尔，在英国人（驻印殖民主义者）的支持下回到喀什噶尔，妄图通过叛乱重新控制天山南路并闹独立。1826年以拜祖坟为名，张格尔占据天山南路的喀什噶尔、叶尔等城，并把英国殖民主义者引入南疆，充当祖国和维吾尔族的叛徒。（英特务二十人随张格尔入疆，充当“顾问”，实际是控制，监视之）甚至与浩罕国商定，浩罕人出兵协助，事成后割让喀什噶尔等地。清政府派杨遇青率军平叛，道光七年（1827）二十月俘获张格尔。
5、对西藏管理的加强
西藏达赖喇嘛一直与清人关系融洽，顺治九年，达赖到北京朝见顺治帝，清廷颁金印，册封其为“达赖喇嘛”封号（西天大善自在佛所说天下释教普通瓦赤喇恒喇达剌喇嘛）。但有些农奴主却与噶尔丹等勾结蓄谋叛乱）。
康熙五十六年（1717）准噶尔叛军入藏，杀害拥护中央政府的拉藏汗；清军于第二年派兵入藏，用两年时间击溃准噶尔叛军，并派员驻兵，管理前后藏。雍正五年（1727）又设两个驻藏大臣。同年，阿尔布巴等杀中央任命的藏人，另一被任命的藏人首领击退阿尔布巴，进驻拉萨，被清廷封为藏王。乾隆十五年（1750）其子藏王朱子墨特又曾叛乱，被镇压，自此，清廷废藏王制，在达顿下面设“噶厦”分离西藏事务。
乾隆后期，英国殖民主义者妄图以东印度公司为跳板，吞占西藏，与西藏上层分子合谋将西藏独立出来，未能成功；又唆使廓尔喀入侵藏，清廷派兵协助藏族人民打退廓尔喀人。为此，清廷于乾隆五十八年颁《钦定西藏章程》，规定由“驻藏大臣”主办西藏事务，地位与达赖，班禅相等；地方官吏归驻藏大臣管辖，并会同达赖喇嘛一同任命地方官吏；达赖班禅“转世”时，抽签须有驻藏大臣在场，呈中央批准方为有效[金本巴瓶掣签仪式：达赖或禅去世时，按预示方位，寻找与死者去世的同时出生的男童数人，称“灵童”，通过抽签断定谁是死者的化身，便由之来承继达赖或班禅的位子。“金本巴瓶”即金瓶，后由皇帝颁发。]这样，对西藏的控制大大加强了。（驻藏大臣代表中央，加强了控制）
6、西南地区的改土归流
雍正年间，在明代“改土归流”的基础上，为了加强对西南少数民族地区的控制，进一步实行了改土归流。鄂尔泰任云贵广西总督时，对贵州苗疆、云南、广西的土司多改为政府任命的流官；随即又在四川的大小金川等地改土归流。由于改土归流的过程中清朝官吏对各族人民掠夺屠杀，曾引起苗寨的反抗，清军烧毁苗寨1224座，杀17000余人。大小金川的藏民也反抗，历时三十年（乾隆二十年至四十一年）才平定下来，近一步实行了改土归流，密切了西南少数民族地区与内地的联系。以上叛乱和平叛，反复了百余年，战乱给各族人民带来沉重灾难和破坏，叛乱是分裂行为，而平叛历史地看，则是有利于祖国统一的。在平叛的过程中，各族与内地的联系进一步加强，边疆地区也得到了进一步的开发和发展。
二、多民族国家的统一
1.东北地区
有满、蒙、汉族为主，及鄂伦、赫哲等，东北北部，自清初即进行行政编制，修驿站，驿站以吉林、沈阳为纽枢，可从爱珲等地直达北京，康熙帝还三次视察东北，广布教化。东北中南部是清室的发祥地，被列为禁区，康熙时围“柳条边”，[从辽宁凤城到开原，再到山海关，975公里，亦称老边；由开原到吉林，345公里称新边；外加壕沟，几十里一道便门。]亦称“盛京边墙”，目的在于防止汉人到此开荒，是吉林、盛京的行政边界，不是清的边界（苏联以此为边界）。
尽管柳条边限制，关内外的经济文化交流仍很频繁；乾隆以后弛禁大量汉人到东北肥沃地区垦耕，使东北农田亩数成十倍，几十倍增长，农业渐渐取代渔猎，并发展了手工商业，出现了长春，吉林等城市，与内地的经济文化交流也增多。
2.蒙古地区
清初为防止蒙人势力的增长，严禁汉蒙通婚，不许内地汉人到蒙古地区垦荒，但去得还是很多。在他们的影响下，原来的畜牧业渐渐向农业发展，到十九世纪初，已是“开垦地亩较多，牧场较少”（清世祖实录二二九），但清政府又根据蒙古的自然条件，限制过多地耕垦，有意识地保留一些畜牧场。随着蒙古经济的发展，与内地的经济、文化联系也加强了。归化、张家口等城成了贸易中心，北京也有专门接待豪商的里馆、外馆。
3.新疆地区
（1762称伊犁将军辖区，1884才称新疆省）。清初西北边界到巴尔喀什湖、东南一带是维吾尔、哈萨克、柯尔克孜，乌孜别克等少数民族。新疆各地有农耕传统，种植稻麦，清政府又组织屯田，有军屯，汉人到此屯田（民屯），当地人垦耕称回屯。不仅种植粮食，还种植葡萄、棉花，畜牧业也很发达。不仅丝织业精细，还有铜、铁、铅等矿。伊犁阿克苏、喀什噶尔、乌鲁木齐、哈密等成了工商业中心，汉人到此贸易，新疆各族商人也到内地经商。
3.西北、西南地区
青海、甘肃、西藏、云南、贵州、广西及四川、湖南一带少数民族居住地区，在清代，进一步开发。垦田数目大幅度增加，耕作技术提高，产量也增加。商业往来方面，汉商深入西南、西北地区、贩运盐、布、铁等，再把当地出产的药材等物运来；同时各族商人也带特产来内地贩卖。
5.南海、台湾地区
南海包括海南岛、东沙、中沙、西沙等岛滩百多个，有汉、黎、苗族等，自宋代即有千里长沙，万里石塘之称，清代在这一带加强海防巡逻，保护了他们与内地的联系和本地经济的发展。往来贩海贸易也经常进行。清初郑氏投降后，清廷对如何经营台湾意见不一，康熙等人认为台湾是东南的“屏藩”断不可弃，设官置衙，进行有效控制。并有二十多万汉人从福建、广东移居台湾，与高山簇人民共同开发台湾，并与大陆沿海地区交易。
总之
在清入关以后，历经顺康雍乾嘉道六朝近两个世纪，通过平定叛乱，治理边疆，不仅使清政权得以巩固，国内得以平定，边疆也得以治理，形成了大一统的局面。到乾隆时除本部十八行省（内地），还有顺天府、盛京、内蒙古、青海、蒙古、喀尔喀蒙古、西藏、新疆等藩部，包括许多个民族，北至恰克图，南到海南岛诸岛，西至葱岭、东至库页岛外兴安岭。形成了一个幅员广阔、国势弘大的统一封建国家。
