秦统一后在全国推行郡县二级制，而建郡的数目问题，一向有所争论，说法不一。“三十六郡”之说，这是初并天下时的数字，见《汉书•地理志》第八下，在全部介绍汉代的郡国之后云：“本秦京师为内史，分天下作三十六郡。”秦始皇统一中原以后又南平百越而添置：南海、桂林、闽中和象郡等四郡。故与36郡合作40郡。秦京师所在的“内史”也称作一郡，秦始皇三十三年（前214）使蒙恬将十万之众北击匈奴，悉收黄河河套以南之“河南地”，因河为塞，筑四十四县城临河，徙戍立之，而为“九原郡”。这是“四十二郡”之说。复旦大学谭其骧先生编绘《中国历史地图集》用四十六郡说：恒山、胶东、济北、衡山等郡皆作秦置。秦郡的问题比较复杂，因为一些郡名以后不用，曾被认为是秦朝设置过的。
总的来说，秦代的郡设立的规律是：
①． 因袭战国时代列国已经设置的郡；
②．六国国都本来都未设郡，秦统一以后，普遍增设了郡，如：魏都安邑置秦河东郡；韩都阳翟置秦颖川郡；赵都邯郸置秦邯郸郡；秦齐都临淄，秦齐郡。这些都城作为郡治，推测是由于那里的人口较多，经济较为富庶，又有完善的城池。
③．在一些重要的新辟地区置郡，如：西北边地九原郡，岭南设立了南海郡。
④．秦郡辖区的界限划分有相当多的地方是依据自然地理要素中的山、川走向为界，为后世行政区的划界方式奠定基础。
例如：黄河，⑴太原、河东、上郡、内史等郡的界限，⑵河内、三川、东郡的界线； 淮水，陈、泗水、九江、衡山郡的界线；太行山，河内、上党、邯郸、太原、恒山郡的界线；大巴山，汉中与巴郡的界线；其中某些山川直到今天仍作为省际界限的标志。
小结：
秦代是我国古代行政区划正式出现的第一个朝代，实行的是郡县二级制：
┌——郡——县
中央---|
└——内史
秦郡官员：郡守主民政，郡尉主军事，郡监主监察；县令（长）
